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史大夫，职掌不变，不领御史台，与前代御史大夫仅仅是名称相同而已。
司空领宗正、少府、司农三卿。司空属吏有长史一人、掾属二十九人、令史及御属四十二人。
大司马
汉武帝废太尉设大司马，加于大将军、骠骑将军、车骑将军、卫将军之上。东汉光武帝又废大司马为太尉，为掌管军政和军赋的最高官职，即全国最高军事长官。东汉时太尉与司徒、司空并称三公。东汉光武帝刘秀时削弱三公的权利，后来三公几乎无实权只是荣誉的象征。东汉末年，三公（太尉、司徒、司空）已成为虚职，在三公之外另设大司马，大司马和大将军均位在三公之上，如刘虞、权臣李傕。三国时期，各国在三公之外另设大司马，一般由大将军升迁而来。如：魏国的大司马曹仁、曹休、曹真；蜀汉的的大司马蒋琬；吴国设有大司马和左大司马、右大司马，一般由大将军或者上大将军升迁而来，如丁奉、吕岱、陆抗、施绩、朱然。
九卿
东汉沿西汉制度，以太常、光禄勋、卫尉、太仆、廷尉、大鸿胪、宗正、大司农、少府为九卿。与西汉不同的是，东汉九卿分隶属三公。太常、光禄勋、卫尉三卿属太尉；太仆、廷尉、大鸿胪三卿属司徒；宗正、大司农、少府三卿属司空。
东汉九卿均于官称上加“卿”字，如太常卿等，秩中二千石。除此之外，东汉九卿与西汉不同者还有：一、光禄勋除西汉的五官中郎将、左中郎将、右中郎将、虎贲中郎将、羽林中郎将之外，增置东中郎将、北中郎将、西中郎将、南中郎将。二、少府尚书改称尚书台，由西汉的常侍曹、二千石曹、民曹、主客曹改为六曹：改常侍曹为吏曹，增三公曹，将主客曹分为南主客曹与北主客曹。尚书台增设左右丞二人，诸曹侍郎各六人，令史诸曹各三人，事务繁剧的曹增令史各三人。尚书台组织较西汉尚书要重要、庞大的多。
将军
在秦代以前，武职将军名号只有大将军、前、后、左、右将军。汉代将军不常设，主征伐。事毕则罢。汉文帝时始有车骑将军、卫将军。东汉的将军也是中央政府的重要组成部分，有大将军、骠骑将军、车骑将军、卫将军、前将军、后将军、左将军、右将军。大将军位在三公上，骠骑将军、车骑将军、卫将军位次列于九卿，位在三公下。前、后、左、右将军，位次列于九卿，不常置。东汉中期以后，太后临朝称制，外戚以大将军执政，与太傅、三公合称为五府。
以上将军均开府，府属有长史、司马各一人，从事中郎二人，掾属二十九人，令史御属三十一人。将军以本号领军的，各有部曲、校尉。
汉魏时期，有军功者比比皆是，授予官职的难度加大。因此常在“将军”前冠以某个名号以作为他的官职，这种名号并无一定，名号之间也无上下级关系，因此称为杂号将军。临事设置，事毕即撤。如骁骑、楼船、材官、伏波、贰师、度辽、龙骧等，或以所领部队（如骁骑、材官），或因奉行的任务（如李广利攻贰师城）。唯度辽将军因南匈奴所部时有内乱，自永平八年（65年）后常设。汉末以后，开始出现四征、四镇、四平、四安等重号将军。