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个问题，这种朝廷武器到底被弄出去多少件，去了哪里，给了什么人，会不会是某些人要利用这批数量庞大的兵器做些什么，这些问题都是重中之重，极为关键。现在由于案件刚刚发生，很多消息，情报，证据的来源都不准确，所以还不清楚。但是我想说明的是，必须以最快的速度，最大的力量去查明这批兵器的去处，防止可能发生的事态扩大化。因为有可能贼人就是等这批兵器到手而犯上作乱，现在兵器被官府截住了，会不会让贼人有一种打草惊蛇的心理，进而提前有所谋逆的举动呢，同时我们要从另外一方面入手，马上行为各地加强防备，做好应变的准备。”说完这些，申时行朝万历帝再次行了个礼，退回原先自己站立的位置之中。
许国、王锡爵、王家屏三位阁老听完申时行的一番见解，心里面大体还是赞同的，本来这件案子就如同申时行所述，并不复杂，只要抓住关键的来龙去脉两点，也就弄清楚了整个案件，至于其中的微末细节根本不值得去关心。几位阁老倒是倒是从申时行的话里面嗅出了其他的气味，这似乎是一种暗地里面的政治信号，让几位阁老心里面顿时高度警惕起来，大脑开始转动，自己在这轮政治博弈里面到底应该以什么样的位置，什么样态度来面对即将到来的政治问题的选择，申时行在给信号几位阁老，想要打击日益猖獗的宦官、特务势力。
前面申时行专门讲到由张鲸等四衙门提出来的联合调查组，这种新的组织机构，为什么让他感兴趣，专门提出来说明一番，要知道阁老们说话可不是随便开口的，每一句说话都是有其深层用意的，要你去仔细品味琢磨。其实申时行提出联合调查组这件事情也很简单，因为里面牵扯到了权利的争夺和利益的再分配。一旦这种组织成为常例，将有可能打破宦官、皇家亲卫集团侦破谋逆案件的惯例，进而消弱这些厉害部门的职能。未来有可能把这块的职能交付于联合调查组，就意味着，今天是可以东厂做联合调查的主管，明天就可以五城兵马司做调查的主管，甚至日后大理寺、刑部都可以做调查的主管，而以前从来没有任何一个部门敢对东厂和锦衣卫直接进行管理的，因为他们是属于皇家的专职机构，不管是费用，还是人员，都和朝廷没有任何的联系瓜葛。前面申时行的话里面其实已经隐含了这种韵味，按照他的设想京城的联合调查组只有侦察权，没有审讯权，把审讯权由锦衣卫、东厂的手里面收归朝廷三司所有，其实就是变相削弱了这两个部门的职能权利。
申时行是皇上的意图的忠实执行者，这点是绝对不假的，要不然他也不可能做到首辅的位置上来，但是他也同样是个文官，是个饱读多年诗书，受过多年文人道德灌输的士人，这种身份天然的就让他抗拒和厌恶宦官和武将集团。可惜世界上的事情往往并不会因为自己的喜好而不存在，东厂和锦衣卫依然是最大的特务机构，依然有莫大的权柄。其实申时行心里面也明白东厂和锦衣卫的存在，很大程度上是因为皇权统治的需要，这点只要有皇上，有集权，就不可能改变什么。当然他作为首辅，在这个敏感的位置上，并不能因为自己的喜好来对各种政治部门，和政治事件进行判断，但这并不妨碍他能够用些细微手段去削弱这些没有监察的独权部门的权利。