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只有对结构或者本能的细微变异的累积，自然选择才会起作用，不过每个变异都对个体在其生存条件下有用处。由此可以提出疑问：所有变异了的建筑本能经过长久而级进的持续时期后，都向着如今这样的完备状态发展了，而这些给它们的祖先带来过什么好处呢？我认为，回答这个问题十分容易：如蜜蜂或者黄蜂的蜂房一样筑造起来的蜂房，不但坚固，而且节约了许多劳力、空间和建筑蜂房所用的材料。大家知道，只有采集了丰裕的花蜜，才能制造出蜡，为此蜜蜂要付出辛勤的劳动，特盖特迈耶先生对我说，实验已证实，蜜蜂需要损耗掉十二至十五磅干糖才能分泌出一磅蜡，因此在同一蜂箱里的蜜蜂就必须采集且消耗许多的液状花蜜，才能分泌出建筑蜂窠所需要的蜡。另外，不少蜂在分泌时期，必定有好多天不能做其他的事。而如果没有大量的蜂蜜储藏起来，大多数的蜂就没法熬过冬天；而且我们知道，众多的蜂能够维持在很大程度上决定了蜂群的安全。所以，节约了蜡，也便节省出了大量的蜂蜜，并且还缩短了蜂蜜采集的时间，这肯定是所有蜂族取得成功的重要原因。
固然一个物种的敌人或寄生物的数目，又或者其他非常特别的原因，也决定了它成功与否，然而这些都与蜜蜂能采到多少蜜没有一点关系。不过，我们假设采集蜜量的能力可以决定，而且或许曾经往往决定了一种类似于英国土蜂的蜂类能不能在每一个地方大量生存；而且让我们接着假设，蜂群只有储藏蜂蜜才能度过冬天；在这种情况下，若是它的本能有细微的变异，使它将蜡房建造得挨近一些，稍稍彼此相切，自然将会对我们所设想的这种土蜂有利，因为一面公共的壁即便只连着两个蜂房，也可以省下一些劳力与蜡。
所以，倘若它们可以将蜂房建造得越发整齐，越发靠近，并且像墨西哥蜂的蜂房那般聚拢起来，这对这种土蜂就更加有好处了；因为这样，每个蜂房的大多数境壁就可以用作相邻蜂房的壁，从而就能省下大量的劳力与蜡。此外，一样的道理，若墨西哥蜂可以把蜂房建得比如今的蜂房更加靠近些，并且力争在每一方面都更加规范，这对它是有好处的；因为，正如我们所见到的，蜂房的球形面就可能全部不见，都变成平面了；而墨西哥蜂所建的蜂窠兴许就会达到蜜蜂窠那样完美的程度了。当建造超过了这种完美的时期，自然选择就不再发挥作用；因为在节省劳力和蜡方面，蜜蜂的蜂窠是我们了解的物种中十分完善的。
所以，如我所确信的，这所有已知本能里最为奇异的本能--蜜蜂的本能，能够用下面的原理来解释：自然选择曾经运用相对简单本能的大量、接连发生的细微变异；自然选择曾经缓慢地、一步步完善地引领蜂在双层上凿掘出相互有一定距离的、同样大小的球形体，而且沿着交切面凿掘成蜡壁；诚然，蜂不会懂得它们自己在凿掘球形体，相互间保持着合适的距离，就像它们不清楚六面柱体的角以及底部的菱形板的角有多少度一样；自然选择过程的推动力在于筑造强度适宜、容积与形状适当的蜂房，以便盛纳幼虫，最大限度地节省劳力和蜡来完成蜂房；若一蜂群能够用最少的劳力以及耗费最少的蜜来分泌蜡，造出最好的蜂房，那么它们就会取得最大的成功，而且还可以将这种新习得的节省本能传送给新的蜂群，这些新蜂群将会在它们那一代的生存斗争中大大增加获得最大成功的概率。
反对将自然选择学说应用于本能上的看法：中性和不育昆虫
曾经有人不同意上述本能起源的看法，他们说，“结构的与本能的变异一定是一起出现的，并且是相互紧密协调的，因为倘若只有一方面发生了变异，而另一方面却保持不变，这种变异会导致死亡的”。这种异议的说服力完全建立在本能与结构是突然变异的假设上面。上一章提到的大荏雀能够拿来作例子：这种鸟经常在树梢上用爪子夹住紫杉类的种子，用嘴巴去啄，直到啄出它的仁来。如此，鸟的嘴巴的这种越来越适合于啄破这种种子的所有细微变异，在自然选择中保留了下来，一直到类似极其适合于这种目的的五十雀的那样的嘴巴的形成，此外，习性或强迫、或嗜好的自主变异也导致这种鸟逐渐成为吃种子的鸟，对此解释，毫无困难。在上述例子中，假设先有习性或者嗜好的徐缓改变，而后经由自然选择，喙才缓慢地发生变化，这种变化与嗜好或者习性的变化是一样的。
然而假设荏雀的脚，因为与嘴巴有关，或者因为别的未知的原因，产生了变异并且逐渐变大；脚的增大，也可能导致这种鸟的攀爬能力增强，最后它的攀爬能力和力气变得和五十雀的一样杰出。之所以出现这种情况，是假设结构的逐步改变导致本能的习性产生了变化。另举一例：生活在东方诸岛的雨燕全部以浓稠的唾液来筑巢，这么奇妙的本能，其他的很难比得上了。有的鸟拿泥土筑巢，能够断定在泥土里掺和着唾液；北美洲有一种雨燕（像我所见到的）拿沾上唾沫的小枝来筑巢，甚或沾上唾沫的小枝的屑片也被用来筑巢。这样，分泌唾液越来越多的雨燕个体通过自然选择后，最终就会产生一个物种，这个物种具有忽略别的材料而只用浓稠的唾液来建巢的
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