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成为优势种的某种优越性传给变化了的后代。如上所述，性状的分歧，改进较少的或中间类型的生物的大量灭绝均是自然选择的结果。以这些原理为依据，我们就可以理解世界各纲中任何生物间的亲缘关系以及普遍存在的明显差异。我们感觉奇怪的是，所有时间和空间内的任何动物和植物，都可分为各群，彼此关联，如我们一般所见的那样--关系最密切是同种的各个变种，关系较疏远并且不均等的是各个同属的物种，它们形成了区及亚属；异属物种间的关系更为疏远，而且根据属间关系的远近程度，形成了亚科、科、目、亚纲及纲。无论哪个纲中的若干次级类群均不能列入单一行列，但是都环绕在某些点上，这些点又和其他某些点相环绕，长此以往，就形成了几乎是无穷的环状。倘若物种是独立创造的，就不能解释这样的分类；然而，正如图表中所见，根据遗传及引起灭绝和性状分歧的自然选择的巧妙且纷杂的作用，便可解释这点了。
常常用一棵大树来表示同一纲中所有生物的亲缘关系，这种比喻基本上能反映真实的情况。现存的物种用绿色的、生芽的小枝来表示；长期、连续的灭绝物种可用以往年代生长出的枝条表示。每个生长期中，所有正在生长的小枝都有向各方分枝的意图，并且试图将周围的新枝与枝条遮盖或弄死。同样道理，在巨大的生活斗争中的任何时期，物种和物种的群都在压倒其他物种。巨枝是分大枝，再逐渐分为越来越细的枝，它们在树木未长大时，都一度以生芽的小枝的形象出现；所有灭绝与现存物种的分类都能由这类由分枝来连结旧芽和新芽的情形代表，在群之下它们再分为群。当这棵树还很矮时，许多繁茂的小枝中，其中可以长为大枝、负荷着其他枝条但生存至今的不过两三个。
在久远地质时期中生存的物种也是如此，它们当中只有少数的变异了的后代被保存，从这树开始生长以来，已经枯萎而且脱落了很多巨枝与大枝；没有留下生存的后代而仅是化石状态的全目、全科及全属可用枯落的、大小不一的枝条表示。正如我们所见，由于某种有利机会，树的下部某个分叉处生出一根细小且孤立的枝条，并且茂盛地生长至今；由于亲缘关系把鸭嘴兽或肺鱼这类动物的两条大枝联络起来，而且生活地点也对它们保护有加，所以能使它们避免残酷的竞争。由于生长芽生出新芽，如果是强健的新芽，就会分出枝条覆盖四周许多相对较弱的枝条，所以这巨大的“生命之树”在其传代中相信也是如此，地壳被这株大树用它枯落的枝条所填充，并且用它的茁壮而美丽的枝条覆盖了大地。