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伴随着变异的生物由来学说的疑难--过渡变种的不存在或缺少--生活习性的过渡--同一物种中的分歧习性--具有与近似物种极其不同习性的物种--极完善的器官--过渡方式--疑难的事例--自然界没有飞跃--重要性小的器官--器官并不在一切情形的大部情况下都是绝对完善的--自然选择学说所包括的模式统一法则和生存条件法则。
我想读者在读到本书这一章节之前，必定已经遇到不少难点。其中有些是如此之难，以致我至今都一筹莫展；但是，我认为大多数难点都只是表面的，至于那些较深的难点，也并不妨碍我对这一学说的探讨。
上述难点和异议可分为以下几类：第一，如果物种逐步地从其他物种演变而来，那缘何没有看到无数的过渡类型？为什么物种之间区别分明，而整个自然界也并非混沌不清？
第二，某种动物，例如，一种具有和蝙蝠类似的构造和习性的动物可否由其他习性和构造极其不同的动物变化而来呢？我们是否可以相信，一方面自然选择能够产生出一些不十分重要的器官，就好像仅用作拂蝇的长颈鹿的尾巴，另一方面，也可以产生如眼睛那般奇妙的器官？
第三，本能可否依靠自然选择获得并得到改变？蜜蜂筑造蜂房的本能出现在学识渊博的博物学家发现之前，对此我们将如何解释呢？
第四，我们又如何来说明物种杂交时具有的及其后代具有的不育性，对于变种杂交的能育性没有损害呢？
我们在这里要讨论的是前两项，其他难点将在下一章进行讨论；关于本能和杂种状态将在接下来的两章中有所讨论。
论过渡变种的不存在或缺少--由于自然选择只是在保存有利变异方面起作用，因而在有各种生物生活的区域中，任何新类型都呈现出一种倾向，即最终会将某些改进细微、不如它自身多的原种类型和某些与它竞争而受到不利影响的类型替代并消灭掉。所以灭绝与自然选择是并进的。由此，假设每个物种都传自某些未知类型，则通常在这个新类型形成以及不断完善的过程中，其亲种和所有过渡变种就已然被消灭。
可是，以这种理论来看，必定曾经存在过不计其数的过渡类型，然而为什么在地壳里没有发现它们的大量存在呢？我们将在《论地质纪录的不完全》一章中讨论这个问题，关于这一问题的答案，在这里我仅仅可以说，这主要是由不完全的地质记录所引起的。有很多自然界的采集品存在于巨大的博物馆--地壳之中，但这些采集品并不齐全，而且也只是在长久的间隔时间中进行的。
但是，某些近缘种生活在同一地域内，我们现在理应看见许多过渡类型。来看一个简单例子，当我们在大陆上从北部向南方旅行时，通常会在各个地方明显地看到近缘的或有代表性的物种几乎在自然组成中占据相同位置。这些有代表性的物种经常相遇而且混合在一起；当某一物种逐渐减少，那么相应地，另一个就会慢慢增多，最终取代某一物种。但假如我们比较这些物种相混合的地方，就可以看到它们构造上的各个细节通常都不一样，从在各个物种主要栖息的地点采集来的标本上就可明显看到上述情况。我的学说认为，这些近缘种有一个共同的亲种；各个物种在变异的过程中，逐渐适应相应区域的生活条件，并排斥或灭除了原有的亲种。所以，我们不应期望在各个地区都能看到不计其数的过渡变种。虽然它们一定曾在那里生存过，并且有以化石状态埋存在其中的可能。然而又是什么原因导致如今我们在具备中间生活条件的中间区域中，无法看到连接密切的中间变种呢？虽然这一难题困扰我很久，但我认为，从大体上来说还是可以解释的。
第一，我们应当十分谨慎地进行推测，不可因为某处地方现在是连续的，就推测这一地方在一个久远时期内也是连续的。地质学理论说：大部分大陆在第三纪末期，也还会分裂成一些岛屿：在这些岛屿上，许多不同的物种可能是独自形成，因而并不可能会有中间变种生存在中间地带。受到地形和气候变化的影响，目前连续的海面在离最近不远的时期，一定不像如今这般连续一致。但是我不会以此为借口放弃这个难点，因为我确定原本严格相连的地面上，也可以形成许许多多界限分明的物种；也许这些地面曾经出现过断离，这对于新种的形成，尤其对于自由杂交而流动的动物形成新种，起着重要作用。
试观察如今分布在一个广大区域内的物种，通常我们发现它们在一个大的范围内大量的存在，而在交界处就突然逐步减少，最终灭绝消失。因此，两个代表物种的中间地带，与每个物种的独占地带相比，要狭小很多。如康多尔所观察的那样，登山时，一种普通的高山植物会非常突然地消失在我们面前，这点很值得注意。在福布斯用捞网对深海探查时，也出现了同样的事实。这些事实，会使一些以为气候和物理的生活条件是分布的最重要因素的人感到惊异，因为气候和地域的高度或深度都是在不知不觉中逐渐改变的。
但是我们知道，几乎任何物种，在没有其他物种与之竞争的情况下，即使是在分布
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