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天空上的那只舰队也开始做出回应，几艘浮空舰分工明确，高能武器分别扫向天上和地上的虫族，被扫中的虫人纷纷化为焦土。在天空和地面的双重打击之下，缺少了外太空超级母巢的支援，卡尔文星的虫人部队很快便被消灭了。
这一刻，卡尔文星联邦军队才认识到，他们这最后一搏，给自己赢得了喘息的机会，而且，天空中的舰队，虽然不是朋友，但是敌人的敌人，总是有机会合作的嘛。舰队在消灭完虫人之后，并没有就此离开，而是在空中停了一段时间后，其中一艘类似指挥舰向着人族军事基地的方向降落下来，同时，向人族的基地发送对话请求。卡尔文星的最高指挥官巴顿接受了请求，并和对方进行了一次秘密谈话。随后，人类军队收到命令，全军在卡尔文星休整，等待下次命令。
巴顿在那次秘密谈话之后，马上联系了联邦政府，随后，政府最高要员与神秘舰队之间又一次展开了会谈，了解了对方的身份和目的之后，双方进行了激烈的谈判，最终，由巴顿向卡尔文驻军解释了舰队的来历。联邦军队才知道，这支舰队来自亚特兰蒂斯帝国，那是一个很强大的星际国家，他们出现在这里是为了对抗虫族，在之后的行动中，会由这只舰队协助军队解放第五星域沦陷区。接下来，卡尔文星的驻军第一次见到了亚特兰蒂斯人，他们如同传说中的精灵一般，皮肤如雪，眼睛散发光芒，每一个都是俊男靓女。
卡尔文星胜利的消息很快传遍联邦星域，民众士气大振。联邦政府同时还发布了将与外星域文明亚特兰蒂斯帝国展开全面合作，共同抵御虫族入侵的公告，一时间，亚特兰蒂斯人还没出现在联邦民众的视线里，就已经赢得了人民的好感。
其实，亚特兰蒂斯军方的心里恨不得把地球联邦整个抹除掉，帝国与虫族之间的恩怨持续了几万年，本来，帝国在西部星域与亚基虫人的对抗已经很是吃力，结果，不久前，东部星域的巡逻队发回消息，万年前，帝国花费巨大代价制造的东部封锁带出现了防护漏洞。地球联邦的探索队莫名在第六星域建立时空锚点，将封闭在这里的扎卡虫族放了出来的。这样一来，一旦扎卡虫族攻陷地球联邦，它们就可能通过位于地球附近的锚点进攻帝国东部星域。到时候，两只虫族东西夹击之下，即便是强大的帝国也阻挡不了。最终，经过议会讨论，制定了扶持地球联邦抵挡扎卡虫人的计划，为达目的，帝国甚至愿意给地球联邦提供数千项军事三代技术。
至此，亚特兰蒂斯帝国与地球联邦在各自的小算盘下，成立了联盟。在帝国舰队的帮助下，联邦军队收复了一部分失地，等到虫族重新集结起大军后，双方便开始在第五星域展开了拉锯战。这次，在帝国的技术支持下，联邦与扎卡虫人打的有来有回，就这样持续了百年。