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由于事发突然，江户宫内部隐藏的矛盾开始浮出水面，太王太后、王太后背后的家族势力互相倾轧，家臣也开始互相站队攻讦，发展到后期更是刀兵相向，更有家臣软禁穆仁于宫中，借机发号施令。
此时，别说是震慑东国势力，能不让他们看笑话已是万幸，朝廷已然威严扫地。
这一变故被称为“江户骚乱”。在秀保的授意下，孝严天皇果断处置，先是派遣大臣进行调和并乘机接管了江户军势，局势稍定后，详细调查审理，严惩挑唆是非、欺主罔上之徒。
事后，一方面，以穆仁年幼无法秉政为由，宣布江户宫封地纳入天皇直辖（即“天领”），安排流官治理，高仁亲王一脉全部召回京都居住；另一方面，借机打压背后势力，致使纪伊、尾张、大和丰臣氏和福岛、结城等势力大受波及，其中以纪伊丰臣氏受罚最重，从三十五万直接削减至十六万石，总计收回土地石高近七十万石。
明和九年（1662），秀保病重之际，贤仁亲王之子、“三护国”之一的晃仁亲王借口对江户处置不满，决定先发制人，主动出兵攻打京畿，是为“壬寅之乱”。
经孝严天皇御驾亲征及清仁、兴仁亲王大力支持，仅十余天平定，晃仁亲王自尽，封地全部没收，全族流放八丈岛。
和泉丰臣氏当主丰臣秀晴受波及免去官职且封地削减至一万石，纪伊丰臣氏当主丰臣秀达封地再遭削减至四万石，清仁、兴仁亲王自请纳土归京，孝严天皇不允，仍维持原有封地，但当主需常年留京，亲藩势力大幅削弱。