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现在的黑旗军残部，满打满算，不足三百人，哪里守得住嘉义。
而且，日军在加紧进攻嘉义的同时，从澎湖派出三艘军舰，满载三千海军陆战队，从海路直扑安平。
安平是台南以西的港口，从安平到台南，无险可守，一旦日军在安平登陆，即可长驱直入，迅速占领台南。
而此时，台南已经成了一座不设防的城市，从安平到台南的全部守军，只有刘永福和他的三十多个亲兵卫队。
安平炮台在港口南部的最高峰上，扼守安平港，炮台上设有阿姆斯特朗大炮，这还是刘永福来到台南后才修建的炮台。但是，这里已经没有人来操作大炮了。
刘永福带着三十多个亲兵，登上了炮台，他要在这里，与台南、以至于整个台湾共存亡。
台南是台湾民主国的临时首都，也是民主国最后的基地，台南陷落，即标志着日本对台湾的完全占领。
日本人加快了进军步伐，他们知道，台南已经是一座空城，只要派出一个小队，就可以完成对台南的占领，但是，日本人还是决定动用三千海军陆战队。这有三个原因，第一，台南的政治意义重大，日军要在台南显示他们的存在；第二，从6月开始的台湾作战，基本上全部都是由近卫师团完成的，海军陆战队没有得到一次机会，陆战队眼睁睁看着陆军建功立业，心头不服。占领台南后，台湾作战即告结束，所以，总督伊东佑亨打算把最后的机会留给海军陆战队。
第三，也是最主要的，日本人担心法国人的干预，彰化一战，日军遭到不明身份武装的袭击，一度怀疑是法国人干的，后来证实，那不是法国人，而是一支中国军队，兵力大约三千人。对于这支军队的来历，日本一时也没搞清楚，不过，日本人严重怀疑，这支军队得到了法国人的资助。如果真是这样，日军就必须尽快完成对台南的占领，彻底断了法国人的念想。
9月2日，台湾总督兼南方派遣舰队司令伊东佑亨，命令吉野、秋津洲、桥立巡洋舰、相模丸、元山丸运输船、近江丸水雷母舰，组成台南支队，搭载三千海军陆战队从澎湖出发，兵锋直指安平港。
台南支队由吉野号舰长上村彦之丞统一大佐指挥，海军陆战队指挥官则是由高桥种生大佐。
南方派遣舰队，其实就相当于日本联合舰队。日本大本营对于台湾作战极为重视，这是清日战争中，日军获得的最有价值的战果。按照计划，本应该是派遣整个联合舰队前往台湾作战，
但是，甲午战争后期，北洋水师突然出动，与联合舰队在庙岛海域大战，结果，双方互有损伤，而联合舰队包括旗舰松岛号在内的三艘战舰被击沉，五艘战舰重伤，元气大伤。没奈何，大本营只得把联合舰队中还有战斗力的战舰派往台湾，这只相当于联合舰队一半的舰船。所以，干脆命名为南方作战舰队，不再使用联合舰队的旗号。
不过，相对于台湾守军而言，这仍然是一支庞大的力量。
尤其是经过三个月的征战，台湾守军，不管是唐景崧的部队还是刘永福的部队，都已经被消灭殆尽，日军已经奠定了压倒性的优势。
在这种情况下，台南作战仅仅是象征性的。
所以，台南支队刚刚出发，海军陆战队指挥官高桥种生就派出信使，前往台南，向刘永福发出了最后通牒，要求刘永福立即放下武器，无条件投降。
高桥种生甚至把日军的登陆地点和登陆时间都告诉了刘永福。登陆地点安平港，登陆时间，9月3日12时。