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将对自然选择的基本问题详细论述，至此我们便可看到自然选择如何促使改进较少的生物大量灭绝，并引发我所说的“性状分歧”。在第五章我将讨论复杂的、不甚明了的变异法则。接下来的五章中，将会对最明显、最重要的难点进行讨论：第一，转变的困难，即一个简单的生物或器官，经过怎样的变异，可以改进为高度发展的生物或精密的器官。第二，关于本能，也就是动物的精神能力。第三，杂交问题，异种杂交的不育性和变种间杂交的可育性。第四，地质记录不完全。第十一章中，我要考察的是生物在时间上的地质演替。第十二章和第十三章则是论述生物在空间上的地理分布。第十四章中，将讨论生物分类或相互之间的亲缘关系，包括成熟时期和胚胎时期。我将在最后一章，对全书进行扼要的复述并附简短的结语。
如果我们承认自身对那些生活在我们周围的生物之间关系的高度无知，那么，也就不会有人奇怪为何我们至今还不能解释一些关于物种和变种的起源的问题。为什么某个物种分布广泛且数量大，而另一近缘种却分布狭小且数量稀少，这些问题有谁可以解释呢。但是这些关系都是高度重要的，因为它们决定着这个世界上现在所有生物的繁盛，并且我确信也决定着这些生物以后的成功与变异。在地质历史时期里，生存在世界上的无数生物之间的关系又如何，我们所了解的就更少了，尽管许多问题至今隐晦不明，而且在以后相当长的时间里也不十分清楚，但通过我能力范围之内的审慎研究和冷静判断，我非常肯定，至今许多博物学家仍旧坚持的，也就是我以前所坚持的观点--任何物种都是独立创造出来的--是错误的。如今我确信，物种并非不变的，那些所谓同属的物种一般看来都是另一个已经灭绝的物种的直系后代，就像任一物种的变种都是这个物种的后代一样，并且我还相信自然选择在变异过程中发挥了最重要的作用，虽然这种作用不是唯一的。