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空气的器官，米勒特别细心地考察了关系十分相近的两个科，它们的各物种的所有重要性状也都非常一致：比如它们的感觉器官、循环系统、复杂的胃里的丛毛的位置，还有营水呼吸的鳃的构造，就连用于清洁鳃的很小的钩都完全一致。所以，我们能够想象得到，对于少部分属于这两个科的在陆地生活的物种，呼吸空气的器官的重要性理应是相同的；那是因为，既然别的重要器官都非常相同或是紧密类似，为什么会把处于同一种目的的这一种器官创造得不一样呢？
按照我的看法，米勒认为一定要用从一个相同祖先的遗传而来这一根据才可以解释构造上如此多方面的紧密近似的原因，然而，与大多数的别的甲壳动物一样的是，米勒研究的这两个科的大部分物种是水栖习性的，因此假设其共同祖先曾适合于呼吸空气，自然是没有什么可能的。所以，米勒细致地检查了呼吸空气的物种的这种器官后发现，在某些重要方面，比如呼吸孔开闭的方法、位置以及其他的一些附属构造，各物种的这种器官都是有差异的。在假设属于不同科的物种能够逐渐地变得适合于水外生活与呼吸空气的前提下，我们可以理解那种差别，甚至能够预测。因为，依据变异的性质由两个要素即生物的本性与环境的性质决定的原理，这些不属于相同科的物种，存在某种程度上的差异，那么其变异性也就不会全部一样。这样，为了使获得的机能相同，自然选择就必须对不同的材料也就是变异上进行改变；那么获得的构造几乎是互不相同的就成为了一种必然。如果假设是各自创造作用的结果，那一切情况就不能被理解了。好像这样的讨论思路在很大程度上促使米勒同意我在此书中所提出的论点。
已故的克莱巴里得教授也是一位著名的动物学家，曾提出过同样的看法，且得到相同的结果。他明确说，归属不同亚科和科的寄生性螨，都长着毛钩。因为不能够从一个相同祖先承传下来，所以这样的器官一定是各自形成的；在不同的群里，形成方式也是不同的，或由前腿变化而来，或由后腿变化而来，或由下颚或唇变化而来，或是由身体后部下端的附肢变化而形成。
这样一来，在仅仅存在疏远亲缘关系抑或完全没有亲缘关系的生物中，我们可以找到发展不一样但是外貌紧密相像的器官，其所得到的结果和所发挥的机能是相同的。从另一方面来说，即便在紧密相似的生物中，我们也能够通过多种多样的方法获得同样的结果，这是一个贯穿于自然界的共同规律。在构造上，鸟儿长着羽毛的翅膀和蝙蝠长膜的翅膀是完全迥异的；苍蝇的两个翅、甲虫的两个鞘翅与蝴蝶的四个翅，更是有着很大的差别。双壳类的壳生来就能开闭，然而两壳铰合的样式极其丰富，由贻贝的简单的韧带到胡桃蛤的长行错综复杂的齿的排列我们就可以看出来。
种子的传播方式也因为其形状和构造的不同而有所不同，有的是因长得细微；有的是塑变成体积比较轻的气球状被膜；有的是靠吸引鸟类吃掉它们来传播，因为它们可以将本身隐藏于果肉里面，这些果肉由各种不同的部分构成、富含养料，并且具有鲜艳的色泽；有的长着各种各样的锚状物和钩或是锯齿状的芒，可以附着在走兽的毛皮上；有的微风吹过就可以飞扬，因为它们长着构造巧妙和形状各异的毛和翅。用极其繁多的方法得到同样的结果的论点是我们特别应该注意的，所以我另举一例加以说明。有的作者的自然观是不可以相信的，因为他们认为，生物由多种方法形成，就像店里的玩具，只是为了花样。有些植物的受精作用需要一些外力才能够完成，例如雌雄同株而花粉不能够自然地撒落到柱头上的植物，再比如雌雄异株的植物。这样完成的受精中，我们可以想象得到的最简易的方法是：花粉粒的体积轻且形状较为松散，有机会在被风吹的时候撒落在柱头上。在众多植物中还有一种大不一样但几乎同样简易的办法，那就是让昆虫从花药将花粉携带至柱头上面，因为在那里对称花可以分泌出少许的花蜜，这样就能吸引昆虫来采蜜。
由这样简易的方面入手，我们可以发现，为了同样的目的，大量的装置导致了花的不同部分的改变，而且是以实质相同的方式发挥作用。它们雄蕊和雌蕊的变化可以多种多样，有时会由于弹性或刺激而进行奇妙的适应活动，有时候形成类似陷阱状的装置，这样这种形状的花托就能够贮藏花蜜。就连克鲁格博士最近描绘过的盔兰属那样特殊适应的例子，也可以由此种构造解释。这类兰科植物的唇瓣上面长有两个角状体，分泌出几乎纯粹的水滴，接连不断地滴落在由其下唇的一部分向内凹陷形成的一个大水桶内；当这个水桶处于半满状态的时候，一边的出口就会把水溢出。水桶的上面正好是凹陷成一个腔室的唇瓣底部，出入口位于两侧；而且有奇妙的肉质棱在腔室里面。如果不是亲眼所见，即使再聪明的人也不会知道那里发生了什么情况，而且永远也想象不到这些部分有什么作用。
但克鲁格博士发现，一群群的大个土蜂拜访这种兰科植物巨大的花朵的目的并非是吸食花蜜，而是咬吃腔室内的肉质棱；然而它们争相咬吃的时候，经常因为相互碰撞而掉进水桶里
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